Arroyo de la Luz posee también importantes recursos acuáticos, los numerosos puntos de agua repartidos por todo el municipio suponen otro atractivo natural añadido; Charca Chica, Charca Grande, destacando los Embalses de Petit y la Charca del Lancho, espacios de gran valor medioambiental y paisajístico e integrados en la Red Natura 2000 como Lugar de Interés Comunitario (LIC). Los LIC son todos aquellos ecosistemas protegidos con objeto de contribuir a garantizar la biodiversidad mediante la conservación de los hábitats naturales y de la fauna y flora silvestres en el territorio de los estados miembros de la Unión Europea.
El embalse de Molano es otro punto interesante desde el punto de vista ambiental. Su uso es de abastecimiento de agua para la población, pero al igual que los anteriores es un lugar fundamental de nidificación, apareamiento, cría y paso de numerosas aves; el avistamiento de avifauna e ictofauna, así como la pesca deportiva en estos lugares es muy común.
Podemos observar aquí un gran número de especies vegetales propias de la vegetación de ribera (alisos, álamos, adelfas, zarzales, mimbreras, etc.), así como numerosas especies de aves acuáticas (anátidas y zancudas) pues este territorio es un oasis ornitológico para multitud de especies, hablar de aves aquí es tarea obligada. El potencial de estas zonas en cuanto a turismo ornitológico se encuentra aún por descubrir, un potencial que sin duda sorprenderá al visitante por la singularidad y pureza de esta zona. Especial importancia adquieren por su número los anidamientos de Cigüeña blanca (Ciconia ciconia), que construye sus espectaculares nidos en lo alto de árboles (principalmente encinas) y de las torres y campanarios de las iglesias, engalanando y confiriéndole una belleza singular al paisaje urbano arroyano.
A esta red de embalses y charcas le acompaña una densa red de arroyos distribuidos por todo el término municipal, con un marcado carácter estacional. Sobre estos destacan por su mayor envergadura los dos ríos que riegan el término municipal: el río Casillas y el río Pontones, ambos afluentes del río Salor. Hermosas vegas de huerta riegan Arroyo de la Luz, huertas milenarias que ofrecen numerosas oportunidades en el campo de la agricultura ecológica.
El atractivo natural que ofrece Arroyo de la luz se aprecia en diversas rutas por el entorno natural del municipio que permiten la posibilidad de realizarse a pie, a caballo o en bicicleta. En su discurrir a través de interminables llanos, extensas dehesas, zonas de riberos y numerosas charcas, donde se cría la especie piscícola más preciada de estas tierras: la tenca, el visitante podrá conocer los distintos valores que este paisaje le puede ofrecer, a través de la vivencia de nuevas experiencias y sensaciones únicas en contacto con una naturaleza aún por descubrir. Un paseo en piragua por el Rio Pontones, la pesca en sus charcas y embalses, o aprender a montar a caballo, son experiencias que cualquier visitante puede vivir todo el año en Arroyo.